Το πρόγραμμα σπουδών διαμορφώνεται με στόχο τόσο τη γενικότερη πνευματική καλλιέργεια των μαθητών, όσο και την προετοιμασία τους για τις εξετάσεις εισαγωγής στην τριτοβάθμια εκπαίδευση. Επιπρόσθετα, πέραν αυτού, στο σχολείο μας προσφέρεται η ενισχυτική διδασκαλία. Μέσω αυτής, τίθεται ως πρωταρχικός στόχος οι μαθητές να καλύψουν τυχόν μαθησιακά κενά, αλλά και να κατανοήσουν σε βάθος την ύλη των μαθημάτων μέσα από την εξατομικευμένη διδασκαλία.
Για να επιτευχθούν οι παραπάνω στόχοι εφαρμόζεται το αναλυτικό πρόγραμμα που ορίζει το ΥΠΠΕΘ, ενισχυμένο με πρόσθετες διδακτικές ώρες που παρέχονται με τη μορφή παρεκκλίσεων στο κεντρικό πρόγραμμα. Η ενισχυτική διδασκαλία βασίζεται σε εξατομικευμένα προγράμματα διδασκαλίας τα οποία έχουν σκοπό την ενίσχυση των γνώσεων και δεξιοτήτων των μαθητών σε βασικά γνωστικά αντικείμενα. Πιο συγκεκριμένα, οι μαθητές της Α’ και Β’ τάξης παρακολουθούν πρόγραμμα ενισχυτικής διδασκαλίας σε πέντε βασικά μαθήματα: τα Μαθηματικά, τα Νέα Ελληνικά, την Φυσική, την Προσομοίωση Γέφυρας και την Προσομοίωση Μηχανών. Αντίστοιχα, οι μαθητές της Γ’ τάξης παρακολουθούν μαθήματα ενισχυτικής διδασκαλίας στα μαθήματα των Μαθηματικών, Νέων Ελληνικών, Ναυτικού Δικαίου, Ναυσιπλοΐας ΙΙ (κατεύθυνση Πλοιάρχων) και Ναυτικών Μηχανών (κατεύθυνση Μηχανικών).
